在公路水运工程监理工程师的报名过程中，如果发现职称证书存在问题，尤其是被确认为伪造或虚假的情况，需要及时采取有效的措施来应对这一问题。以下是一些具体的建议和步骤：

1. 立即停止使用该证书

首先，停止使用任何可能有问题的证书，避免进一步的法律风险或资格审核失败。一旦发现证书存在疑点，应第一时间撤回相关材料，并重新提交正确的文件。

2. 核实证书的真实性

如果对证书的真实性存疑，可以联系颁发机构进行验证。许多职称证书都有对应的查询系统，通过官方网站输入相关信息即可查询真伪。同时，也可以咨询相关行业组织或人事部门以获得专业意见。

3. 补办真实有效的证书

如果确认原证书存在问题，应及时向相关部门申请补办新的证书。通常情况下，补办流程包括提交申请表、身份证明以及学历等相关材料。务必确保新证书的真实性和合法性，以免再次出现问题。

4. 了解报名平台的具体要求

不同地区的报名平台对于证书的要求可能存在差异。因此，在重新提交材料之前，务必仔细阅读并理解报名网站上的具体规定。如果有疑问，可以直接联系负责人员或拨打官方电话咨询。

5. 寻求专业帮助

如果自己无法妥善解决此问题，可以考虑聘请律师或咨询专业人士协助处理。他们可以根据具体情况提供针对性的解决方案，并指导如何规避潜在的风险。

6. 吸取教训并加强管理

此次经历是一个警示，提醒我们在今后的工作中更加注重资料的真实性和完整性。无论是个人还是企业，都应当建立完善的档案管理制度，定期检查和更新所有重要文件，确保其合法有效。

总之，在面对类似情况时，最重要的是保持冷静，并迅速采取行动解决问题。只有这样，才能最大程度地减少损失，并顺利推进后续工作进程。希望以上建议能够为大家带来实际的帮助！