在繁华都市的一隅，隐藏着一家不起眼的小餐馆。这家餐馆以传统手工水饺闻名，老板娘阿莲更是远近闻名的包饺高手。然而，这看似普通的饺子店背后却暗藏玄机。每当夜幕降临，三更时分，阿莲便会为几位神秘顾客亲手制作特别的“三更饺子”。
这些饺子不仅味道独特，还似乎蕴含着某种不可思议的力量。影片通过几个独立但又相互关联的故事，揭示了每颗饺子背后的深意与秘密。有为了挽回爱情而求助于饺子的失意青年；有渴望亲情重归的家庭主妇；还有因命运交错而改变人生的陌生人。
随着故事的发展，观众逐渐发现，这不仅仅是一家卖饺子的小店，它更像是一个连接过去与现在、现实与超自然世界的桥梁。阿莲手中的每一个动作、每一滴调味料的选择，都仿佛承载着她对生活的理解以及对他人苦难的理解和同情。
最终，在一系列情感纠葛与心灵救赎之后，人们学会了珍惜眼前人、感恩当下事。而那间小小的饺子铺，则继续在深夜里为那些需要慰藉的灵魂提供温暖与希望。《三更之饺子》用细腻的手法讲述了一个个关于爱与救赎的故事，让观众在品尝美味的同时也能感受到人性中最柔软的部分。
